ภายในถ้ำมรกต ระหว่างทางเดินจะพบภาพพระบนฝาผนังถ้ำ เดินเข้าไปไม่ลึกมาก สามารถไหว้พระขอพร ขอโลคลาภได้ทุกองค์

วัดถ้ำสิงห์โต นอกจากจะพบศาสนาสถานมากมาย ยังพบถ้ำเล็ก ๆ อยู่หลายถ้ำ เช่น ถ้ำสิงโตทอง ถ้ำหลวงปู่โต๊ะ ประดิษฐานหลวงปู่โต๊ะ ถ้ำรอยพระพุทธบาท ฯลฯ

ถ้ำสามประแจ ไม่มีใครทราบว่า ถ้ำแห่งนี้ ใครค้นพบ เป็นถ้ำขนาดเล็ก และเคยเป็นที่จำวัดของพระ ก่อนที่จะเลื่อนลงมาอยู่ด้านล่าง

ถ้ำมงกุฎ ภายในประดิษฐาน หลวงปู่ใหญ่-หลวงปู่เสื่อ ซึ่งเป็นสิ่งศักดิ์สิทธิ์ที่ชาวบ้านบูชาและนับถือกันมาก โดยชาวบ้านเข้ามาขอพร ขอโชคลาภเป็นระยะ ๆ

ประกอบด้วย 3 ถ้ำ คือ ถ้ำจักรพรรดิเปิดโลก ประกอบด้วย 2 ห้อง ห้องแรกเป็นห้องใหญ่ หากมาช่วงเวลาที่เหมาะ จะพบแสงส่องลอดเข้ามาในถ้ำ ส่วนอีกห้องจะต้องมุดเข้าไป ถ้ำแก้ว การมาถ้ำแห่งนี้ ต้องไต่เชือกลงไป ถ้ำแห่งนี้ยังคงมีชีวิต เพราะหินงอกหินย้อยยังคงทำงานแบบธรรมชาติอยู่มาก จึงไม่อยากให้มีการรบกวน และถ้ำบาตรแตก ซึ่งต้องใช้วิธีการเข้าไปคล้ายกับถ้ำแก้ว ซึ่งภายในถ้ำจะเจอกับร่องรอยของมนุษย์โบราณ มีเศษเครื่องปั้นดินเผาต่าง ๆ ร่องรอยการใช้พื้นที่ การก่อไฟถ่าน ชวนให้น่าอัศจรรย์

ถ้ำรังเสือ เกิดขึ้นเองตามธรรมชาติ ในอดีตที่ผ่านมา นอกจากประวัติก่อนการสร้างวัดแล้ว ถ้ำแห่งนี้เคยเป็นที่อาศัยของพวกมอญหนีสงครามสมัยอยุธยา เพราะภายในถ้ำมีเศษภาชนะดินเผาพร้อมเครื่องใช้ต่าง ๆ กระจายทั่ว และยังพบโครงกระดูกของมนุษย์ด้วย ถ้ำแห่งนี้ยังมีความสำคัญเกี่ยวกับศาสนา คือ พระมหาโพธิสัตว์ 5 พระองค์ ใช้ถ้ำแห่งนี้เป็นที่บำเพ็ญบารมี จนสำเร็จเป็นพระปัจเจกพุทธเจ้า โดยในปัจจุบัน ภายในถ้ำมีพระพุทธรูปให้ไหว้อยู่หลายองค์

ถ้ำกรวย ซึ่งความสำคัญได้กล่าวไปแล้วข้างต้น มีจำนวนทั้ง 3 ถ้ำ แต่ที่สำคัญ มี 2 ถ้ำ ภายในถ้ำทั้ง 2 พบพระต่าง ๆ มากมาย เช่น พระพุทธไสยยาสน์ พระหน้าถ้ำ และพระองค์อื่น ๆ โดยส่วนใหญ่จะเป็นพระโบราณ

ถ้ำกุญชรหรือจะเรียกว่า ถ้ำอิ่มบุญและถ้ำอิ่มสุข ไม่ทราบประวัติที่เด่นชัด แต่เพราะพบถ้ำแห่งนี้ จึงได้สร้างสำนักสงฆ์ขึ้นมา ที่ตั้งของถ้ำจะต้องขึ้นไดไปกว่าร้อยขั้น ภายในถ้ำมีหินยอก หินย้อยมากมายหลายจุด มีการประดับไฟเพื่อให้แสงสว่างภายในถ้ำ หลายจุดสามารถไหว้พระได้ และยังเป็นรังของค้างคาวด้วย

ถ้ำเขายอดทอง เป็นถ้ำเล็ก ๆ ส่วนหนึ่งของเขายอดทอง ถูกค้นพบก่อนสร้างวัด ประมาณปี พ.ศ.2525 ภายในถ้ำ ประดิษฐานหลวงพ่อดำ เป็นพระพุทธรูป สูงประมาณ 3 - 4 เมตร ขนาดหน้าตักประมาณ 6 - 7 เมตร

ถ้ำพระ เป็นที่ประดิษฐานของสมเด็จพระจักรพรรดิ์ หลวงพ่อพันปี ทวาราวดี ศรีวิชัย หรือเรียกสั้น ๆ ว่า หลวงพ่อพันปี เป็นพระพุทธรูปสมัยทวาราวดีตอนปลาย เป็นไม้แกะมาจากไม้จันทน์หอม ซึ่งเป็นไม้มงคลที่หายาก ได้รับอิทธิพลจากอินเดียสมัยราชวงศ์ปาละ-เสนะ ผสมกับศิลปะกัมพูชาที่เข้าสู่ประเทศไทย จะมีลักษณะหน้าผากกว้าง เส้นหน้าคือจมูก คิ้ว คาง คมสัน สวมมงกุฎ หรือกระบังหน้าทรงสูง ประกบด้วยเครื่องประดับรูปสามเหลี่ยมปลายแหลม มีชายผ้าผูกรัดเกล้าเป็นขมวดอยู่ด้านหลังพระกรรณ คล้ายคลึงศิลปะอินเดีย-พุกาม แกะไว้ให้ปุถุชนรุ่นหลังไว้ปฎิบัติกราบไหว้บูชา จนถึงปัจจุบัน ภายในถ้ำ ยังประดิษฐานพระพุทธรูปเก่าแก่จำนวน 42 องค์ ทุกองค์แกะมาจากไม้ ทางกรมศิลปากร ได้ขออนุรักษ์ไว้เป็นสมบัติของชาติ ต่อมาเมื่อ พ.ศ.2555 อธิการคณินธิป สุจิตโต เจ้าอาวาส ท่านได้ศึกษาความเป็นมาของพระพุทธรูปภายในถ้ำ พบว่ามีพระพุทธรูปองค์หนึ่งมีความเก่าแก่ กว่า 1,000 ปีด้วย และตามเรื่องเล่า ด้วยความลึกลับของถ้ำแห่งนี้ หลวงพ่อสอน ได้พบกับพญานาคลำตัวสีทองด้วย จึงได้สร้างพญานาค ไว้ให้ขอพรด้วย หากเดินเข้าไปอีกหน่อย จะพบพระเจ้า 5 พระองค์ จะตั้งอยู่สุดทางของถ้ำ รวมถึงชมความงามของหินยอก หินย้อยภายในถ้ำที่มีความงดงามอีกด้วย

ถ้ำสาริกา เป็นถ้ำไม่ใหญ่มากนัก มีหินงอก หินย้อย รวมถึง ประดิษฐานองค์หลวงพ่อชินราชจำลอง โดยไม่มีข้อมูลว่า มาประดิษฐานไว้ตั้งแต่เมื่อใด

ถ้ำน้ำ มีการประดับไฟให้สว่างตามเส้นทางเดิน มีน้ำทำให้ห้องโถงถ้ำ เย็นสบาย มีหินงอกหินย้อยไว้ชม และยังเข้าไปกราบหลวงปู่ดำ ท่านมีความศักดิ์สิทธิ์มาก เป็นที่เคารพสักการะ โดยไม่ทราบว่ามาประดิษฐานเมื่อใด ทั้งนี้ ตามจุดต่าง ๆ ก็ยังมีพระองค์ต่าง ๆ มากมาย รวมถึง พญานาคศรีเสวก ลำตัวสีขาวงดงาม พระประจำวัน วังพยายมราช ฯลฯ ด้านนอกถ้ำ บริเวณเชิงเขาเป็นหน้าผา มีต้นไม้ปกคลุม มีพระพุทธรูปปางค์ต่าง ๆ เป็นจำนวนมาก และยังสามารถเข้าไปกราบไหว้สรีระของหลวงปู่เงิน

สำนักสงฆ์ถ้ำเหล็กไหล ต.หนองกวาง อ.โพธาราม จ.ราชบุรี สันนิษฐานว่า สร้างขึ้นเมื่อประมาณปี พ.ศ.2544/2546 โดยตั้งชื่อตามตำนานถึงความเชื่อว่าถ้ำแห่งนี้ เคยมีผู้มาขุดหาธาตุกายสิทธิ์หรือเหล็กไหล ส่วนของถ้ำ ต้องเดินขึ้นเขาประมาณ 100 ขั้น ภายในประดับไฟในบางจุด เพิ่มความสว่างและสวยงามมากขึ้น มีการประดิษฐานพระพุทธรูปในมุมต่าง ๆ แต่จุดที่สำคัญคือหินงอกและหินย้อยลงมาเป็นเส้น ๆ ชั้น ๆ ถือว่ายังคงธรรมชาติอยู่มาก และบางจุดยังเหลือร่องรอยกับจุดที่ชาวบ้านเข้ามาหาสมบัติ หรือหาเหล็กไหล ส่วนด้านนอกถ้ำ สามารถขอพรหลวงพ่อใหญ่ องค์พระประธานของสำนักสงฆ์